陸奥南部一族宗家二十四代三戸南部晴政（1517年～1582年）には実子がいませんでした。そこで父安信の弟で有力庶家を形成していた石川高信の子信直を自分の娘婿とし養嗣子としました。晴政と信直は従兄弟の関係にあたります。
石川高信は有能な武将で、晴信の時代に南部氏が北陸奥五郡（糠部、津軽、鹿角、閉伊、岩手）に勢力を拡大できたのは彼と、同じく一族の九戸政実（1536年～1591年）の功績だと言われます。当時高信は津軽郡石川城を本拠としていました。
高信の息子信直も武勇名高く、南部宗家は安泰かと思われました。ところが晴政に男子が生まれます。後に元服して晴継と名乗った子供の登場で晴政と信直の関係は微妙になっていきました。南部氏は、一族が各地に割拠し一つにまとまった家ではありません。当時三つの勢力に分かれていました。一つは信直の出身である石川氏。二つ目は九戸政実の九戸氏。最後は最大の有力庶家八戸南部家でした。
信直が宗家三戸南部家を相続すれば石川氏の発言権が拡大するのは間違いありません。おそらく九戸政実あたりが讒言した可能性はありますが、晴政は実子に相続をさせようと何度か信直に暗殺団を送って亡き者にしようと画策します。身の危険を感じた信直は自ら相続を辞退、無事晴継が後継者に決まりました。
晴政と信直の関係はますます悪化します。そんな中、信直の実家石川家は突如起こった配下の大浦為信の謀反で石川城を落とされ滅ぼされてしまいました。当主石川高信はこの時自害したとも、逃れて後に病死したとも言われます。為信は独立し、津軽為信と名乗りました。一説では為信の謀反劇を裏で支援していたのは九戸政実だとも言われます。これが真実だとすると石川家と九戸家の南部一族での主導権争いがとんでもない結果を招いたともいえます。
烈火のごとく怒った信直は晴政に津軽討伐を願い出ますが、晴政はこれを拒否しました。そればかりか執拗に信直に暗殺団を送り続けるという酷い対応をしたのです。さすがにこの処分は南部家中でも反発を生み、重臣北信愛（のぶちか）などは秘かに信直と通じ危機を知らせたそうです。
天正十年（1582年）、性格に問題のあった南部晴政は病死します。後を継いだのは息子晴継。しかし晴継はその年謎の暴漢に襲われて殺されてしまいました。真相は分かりませんが、信直による暗殺説は当時から囁かれていました。
三戸南部家二十六代を誰が継ぐかで家中は騒然とします。有力候補は石川（南部）信直、九戸政実一党が推す政実の弟実親。両者とも晴政の娘婿でしたから条件は互角でした。紛糾する重臣会議でしたが、有力庶家八戸南部政栄（まさよし）や重臣北信愛を抱き込んだ信直が交渉を有利に運び後継者は信直に決まります。
重臣会議の途中、北信愛が鉄砲隊を引き入れて反対派を脅したという話も伝わるくらいですから信直の立場は決して安泰ではなかったのです。こうして南部信直（1546年～1599年）は三戸南部家の当主となりました。当時37歳。これに不満を抱く九戸政実は、以後信直の南部宗家と敵対し続けます。
南部家を相続した信直が最初に起こした行動は、父の仇津軽為信討伐でした。ところが九戸政実はこれに従わず、逆に信直が留守にした三戸城に攻め込む気配さえ見せます。結局津軽討伐は断念せざるをえませんでした。津軽領は南部家の手から永遠に離れます。
天正十八年（1590年）豊臣秀吉が小田原北条氏を攻めると、信直も時代の動きに取り残されることを恐れ参陣します。ところがそれより一足早く津軽為信が参陣し津軽の本領安堵を勝ち取っていました。悔しがる信直でしたが、秀吉が安堵した以上信直がどれだけ抗議しても無駄でした。しかし、逆に九戸政実はこの天下の動きを見誤り参陣しなかったのです。後にこれは大きな禍根を残します。信直にとっては、津軽の件は残念でしたが九戸が動かなかったのは幸運だったと言えます。
南部家は、秀吉により津軽郡を除く糠部郡、閉伊郡、鹿角郡、久慈郡、岩手郡、紫波郡を安堵されます。この中には当然九戸政実の領地も含まれていました。奥州仕置の結果を知った九戸政実は激怒し、天正十九年（1591年）本拠九戸城に五千の兵と共に立て籠もり反乱を起こします。
信直が利口だったのは、九戸政実の反乱を秀吉に訴え豊臣秀次（秀吉の甥）を総大将とする天下の兵六万でこれを鎮圧したことです。通常なら領内での反乱はお取り潰しの理由になるはずでしたが（実際、佐々成政は改易、切腹になっている）、信直はこれをうまく切り抜けました。
豊臣政権としても、九戸政実の乱は奥州仕置に対する挑戦と受け取っていました。大軍を前にとても勝てないと諦めた政実は降伏します。しかし信直は秀吉の命令もあったと思いますが、将来の禍根を断つため政実はじめ九戸氏の一族郎党全員を処刑しました。九戸の残党はこの処置を恨み、何度か信直を狙ったそうです。
領地が南に拡大し三戸では不便になったので、信直は九戸城を福岡城と改称しこれに移りました。ところが福岡でも不満だったのでしょう。結局朝鮮出兵から帰るとさらに南の盛岡に築城を開始しました。ところが城は、信直の代では完成せず孫の重直の代にようやく完成します。
慶長三年（1598年）豊臣秀吉が亡くなると徳川家康に接近するなど、最後までその戦略眼は衰えませんでした。盛岡藩南部家十万石初代南部信直は慶長四年十月五日、福岡（九戸）城で死去します。享年54歳。息子利直は、父信直の意向を受け継ぎ関ヶ原でも徳川方に付き南部家を幕末まで存続させる基礎を築きました。
